BÀI 1 · Chùm bài phân tích Thông tư 90/2026/TT-BTC về đăng ký thuế
Tác giả: Luật sư Nguyễn Thế Vũ – ASIF Foundation
Thông tư 90/2026/TT-BTC chính thức thay thế Thông tư 86/2024/TT-BTC kể từ ngày 1/7/2026, thiết lập lại toàn bộ cơ chế quản lý về đăng ký thuế theo mô hình chính quyền hai cấp và nền hành chính số.
Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 90/2026/TT-BTC quy định về đăng ký thuế, hướng dẫn chi tiết Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Văn bản có hiệu lực từ 1/7/2026 và thay thế hoàn toàn Thông tư 86/2024/TT-BTC.
Có thể xem đây là khung pháp lý nền tảng cho mọi thủ tục liên quan đến mã số thuế – từ khâu cấp mới (đăng ký lần đầu), thay đổi thông tin, tạm ngừng, cho đến khi chấm dứt hiệu lực và khôi phục. Mọi cá nhân có thu nhập và tổ chức, doanh nghiệp đều thuộc đối tượng điều chỉnh của văn bản này.
1. Vì sao lần này khác? Ba trục thay đổi lớn
Trục 1 – Cơ quan thuế "hai cấp" thay cho cấp chi cục cũ
Điểm thay đổi đáng chú ý nhất là thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ. Phù hợp với chủ trương sáp nhập và tinh gọn bộ máy hành chính (loại bỏ hoàn toàn cấp quản lý tương đương cấp huyện), hệ thống cơ quan thuế được tổ chức lại theo mô hình hai cấp: Thuế tỉnh, thành phố (quản lý tổ chức, doanh nghiệp, đơn vị quy mô lớn) và Thuế cơ sở (quản lý hộ kinh doanh, cá nhân, tổ chức nhỏ tại địa bàn). Người nộp thuế cần xác định chính xác cơ quan quản lý trực tiếp để tránh nộp sai thẩm quyền, làm kéo dài thời gian giải quyết thủ tục.
Trục 2 – Số hóa gần như toàn trình
Kết quả đăng ký thuế được cấp bản điện tử có ký số, gửi qua Cổng Dịch vụ công quốc gia, Ứng dụng định danh quốc gia (VNeID) hoặc Hệ thống thông tin quản lý thuế, và có giá trị pháp lý như bản giấy. Thời hạn xử lý phổ biến là 03 ngày làm việc. Thông tư còn thiết lập cơ chế đối chiếu tự động với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư và một "quy trình dự phòng" bằng bản giấy khi hệ thống gặp sự cố.
Trục 3 – Mã số thuế gắn với "định danh" và tăng cường quản lý rủi ro
Nguyên tắc "mỗi tổ chức một mã số thuế duy nhất suốt đời hoạt động; mỗi cá nhân một mã số thuế duy nhất suốt đời" được củng cố. Song song, cơ quan thuế được trao công cụ mạnh: chủ động chuyển trạng thái mã số thuế sang diện "chờ xác minh" rồi "không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký" dựa trên đánh giá rủi ro – kể cả ngay từ khâu đăng ký lần đầu hoặc đăng ký hóa đơn điện tử.
2. Cấu trúc mã số thuế: phân loại 10 và 13 số
Thông tư phân định rõ cấu trúc mã số thuế do cơ quan thuế cấp: 10 chữ số cho đơn vị độc lập, cá nhân nước ngoài, người Việt Nam ở nước ngoài chưa có số định danh; 13 chữ số (có dấu gạch ngang) cho đơn vị phụ thuộc và một số nhóm nộp thay.
Một điểm đáng chú ý là việc quy định chi tiết về "mã số thuế nộp thay" – được cấp riêng cho bên khấu trừ, nộp thay thuế của cá nhân/tổ chức khác (ví dụ: sàn thương mại điện tử, bên Việt Nam ký hợp đồng với nhà thầu nước ngoài, tổ chức ủy nhiệm thu…)
⚠ LƯU Ý QUAN TRỌNG
Khi mã số thuế chính của người nộp thuế thay đổi trạng thái (tạm ngừng, chấm dứt, khôi phục), mã số thuế nộp thay và các mã 13 số đi kèm sẽ tự động cập nhật trạng thái tương ứng. Đối với các đơn vị chủ quản, việc thiếu sót trong cập nhật, xử lý trạng thái mã số thuế của đơn vị phụ thuộc có thể dẫn đến ách tắc toàn bộ thủ tục hành chính của đơn vị chính.
3. Điểm mới cần ghi nhớ so với Thông tư 86/2024
Bảng đối chiếu nhanh những thay đổi nổi bật (Cũ → Mới):
- Đầu mối cơ quan thuế: Cục Thuế / Chi cục Thuế → Thuế tỉnh, thành phố & Thuế cơ sở
- Hộ kinh doanh, cá nhân KD: Nằm chung quy định → Có chương riêng (Chương III)
- Sàn TMĐT trong nước: Chưa có mã số nộp thay riêng → Cấp mã số nộp thay để khấu trừ, nộp thay
- Thuế tối thiểu toàn cầu: Chưa quy định → Có mã số 10 số riêng để kê khai bổ sung
- Sự cố hệ thống: Chưa có quy trình chuẩn → Quy trình dự phòng bằng bản giấy
4. Khuyến nghị từ chuyên gia ASIF
Với người dân: Nên chủ động tra cứu trạng thái mã số thuế trên Cổng Dịch vụ công quốc gia hoặc ứng dụng thuế điện tử, đảm bảo dữ liệu đồng nhất với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư. Sự bất đồng bộ dữ liệu là nguyên nhân phổ biến dẫn đến việc chậm trễ xử lý hồ sơ.
Với doanh nghiệp: Bộ phận kế toán – pháp chế nên rà soát toàn bộ danh mục mã số thuế của trụ sở chính và các đơn vị phụ thuộc, xác định đúng đầu mối cơ quan thuế mới, và cập nhật quy trình nội bộ theo các mốc thời hạn (2, 3, 7, 10 ngày làm việc) mà Thông tư quy định.
Thông tư 90/2026 không ban hành một sắc thuế mới, nhưng tác động trực tiếp đến các nghiệp vụ quản lý thuế thường xuyên của người nộp thuế. Việc chủ động cập nhật theo thẩm quyền quản lý mới và duy trì đúng trạng thái mã số thuế là giải pháp tối ưu để doanh nghiệp và cá nhân giảm thiểu rủi ro pháp lý.
