Bài 4: Sàn thương mại điện tử, nhà cung cấp nước ngoài và "mã số thuế nộp thay": Luật chơi mới vận hành ra sao?
Tác giả: Luật sư Nguyễn Thế Vũ – ASIF Foundation
Thông tư 90/2026/TT-BTC lần đầu đưa vào một hệ thống mã số thuế dành riêng cho nền kinh tế số: chủ sàn thương mại điện tử khấu trừ nộp thay, nhà cung cấp nước ngoài, và cả cơ chế đăng ký cho thuế tối thiểu toàn cầu. Đây là phần "mới" nhất và cũng phức tạp nhất của văn bản.
Nếu Chương II và III xử lý các đối tượng truyền thống, thì rải rác trong Thông tư – đặc biệt tại Điều 4, Điều 5 và Điều 7 – là một khung quản lý thuế cho hoạt động số và xuyên biên giới, phản chiếu Luật Quản lý thuế 108/2025 và Nghị định 252/2026.
1. Chủ sàn TMĐT trong nước: từ trung gian thành "người nộp thay"
Chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số có chức năng đặt hàng trực tuyến và thanh toán nay thuộc diện khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà cung cấp nước ngoài, hộ và cá nhân kinh doanh hoạt động trên nền tảng. Để làm việc đó, sàn được cấp một mã số thuế nộp thay (10 chữ số) riêng, nộp hồ sơ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp bằng Tờ khai mẫu 04.1-ĐKT.
2. Nhà cung cấp nước ngoài: đăng ký thẳng qua hệ thống
Tổ chức nước ngoài phát sinh doanh thu tại Việt Nam qua nền tảng số đăng ký thuế trực tiếp qua Hệ thống thông tin quản lý thuế (Tờ khai mẫu 01/NCCNN) và được cấp mã số thuế 10 chữ số. Điểm đáng chú ý mang tính giảm gánh nặng: nhà cung cấp nước ngoài không phải đăng ký thuế nếu toàn bộ doanh thu tại Việt Nam đã được bên khác khấu trừ, nộp thay đầy đủ.
Ai được cấp mã số thuế nào trong hoạt động số và xuyên biên giới — Đối tượng: Loại mã số thuế → Cách đăng ký
- Chủ sàn TMĐT trong nước: Mã số nộp thay 10 số → Mẫu 04.1-ĐKT tại cơ quan thuế quản lý
- Nhà cung cấp nước ngoài: 10 số → Trực tiếp qua Hệ thống (mẫu 01/NCCNN)
- Bên VN khấu trừ cho nhà thầu nước ngoài: Mã số nộp thay 10 số → Mẫu 04.1-ĐKT + bảng kê hợp đồng
- Từng nhà thầu nước ngoài (nếu cần): 13 số theo mã nộp thay → Kê khai trong bảng kê BK04.1-ĐKT
- Tổ chức nộp thuế tối thiểu toàn cầu: 10 số riêng → Theo Nghị định 236/2025/NĐ-CP
⚠ NGHĨA VỤ DÂY CHUYỀN CỦA SÀN TMĐT
Khi trạng thái mã số thuế chính của sàn thay đổi, mọi mã số nộp thay và mã 13 số đi kèm tự động thay đổi theo. Đặc biệt, khi sàn không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và thanh toán, mã số thuế phục vụ nộp thay sẽ bị chấm dứt hiệu lực. Doanh nghiệp vận hành nền tảng cần theo dõi sát để không gián đoạn nghĩa vụ khấu trừ đang thực hiện cho hàng nghìn người bán.
3. Thuế tối thiểu toàn cầu bước vào khâu đăng ký thuế
Tổ chức thuộc diện kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung theo cơ chế chống xói mòn cơ sở thuế toàn cầu được cấp mã số thuế 10 chữ số riêng để trực tiếp kê khai. Đây là lần đầu nội dung này được nối vào quy trình đăng ký thuế trong nước, áp dụng cho các tập đoàn đa quốc gia thuộc phạm vi Nghị quyết 107/2023/QH15.
4. Khuyến nghị từ chuyên gia ASIF
• Với sàn TMĐT: Xác định sớm mình có thuộc diện "chức năng đặt hàng + thanh toán" hay không, vì đây là ranh giới phát sinh nghĩa vụ khấu trừ nộp thay. Xây dựng quy trình đối soát mã số thuế người bán ngay trong hệ thống vận hành.
• Với doanh nghiệp VN ký hợp đồng nhà thầu nước ngoài: Chuẩn bị bảng kê hợp đồng (BK04.1-ĐKT) đầy đủ; mỗi hợp đồng mới cần kê khai bổ sung thay vì xin mã mới.
• Với tập đoàn đa quốc gia: Rà soát ngưỡng áp dụng thuế tối thiểu toàn cầu và đăng ký mã số thuế bổ sung đúng thời điểm để tránh rủi ro chậm kê khai.
Nền kinh tế số đặt ra một nguyên tắc quản lý thuế mới: nghĩa vụ đi theo dòng tiền, không đi theo biên giới. Doanh nghiệp nền tảng và xuyên biên giới càng hiểu sớm vai trò "người nộp thay" của mình, càng chủ động biến tuân thủ thành lợi thế cạnh tranh.
